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Você não pode proibir o funcionário de trabalhar, tudo o que você pode fazer é descontar a hora de trabalho correspondente ao atraso. Se o funcionário deveria chegar às 8h e chega às 8h15, deve ser descontado 1/4 de hora ou compensada (se houver serviço) no final do expediente, já que não se pode descontar do intervalo para almoço e refeição.
Observe, porém, que pequenas variações de horário não superiores a 5 minutos não sãoc ontadas como atraso ou hora extra, desde que observado o limite diário de 10 minutos. É o que a CLT prevê no artigo 58, parágrafo primeiro: "Não serão descontadas nem computadas como jornada extraordinária as variações de horário no registro de ponto não excedentes de cinco minutos, observado o limite máximo de dez minutos diários".
Por exemplo, se o empregado trabalha nos tempos de 8h-12h e 13h-17h, ele poderá por exemplo chegar às 8h4, sair às 11h59, voltar às 13h02 e sair às 16h57, pois em cada entrada/saída foram menos de 5 minutos e no total ele ficou apenas 10 minutos a menos na hora (total de 7h50min de trabalho)
Se, por outro lado, ele chegar às 07h57min, sair às 12h02, voltar às 12h58 e sair às 17h03, não terá direito de cobrar esses 10 minutos a mais como hora extra, pois em cada variação de horário foram menos de cinco minutos de diferença e no total do dia foram menos de 10 minutos.