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Átomo é a menor porção da matéria, a unidade. É representada por símbolo químico, que é encontrado na tabela periódica, por exemplo, O (oxigênio), Na (sódio), Cl (cloro).
Íon (e não ião) é a espécie que resulta quando um átomo perdeu elétrons (perde carga negativa, portanto fica positivo, cátion) ou ganhou elétrons (ganhou carga negativa, portanto fica negativo, ânion). Exemplos: um átomo de sódio tende a perder elétrons e virar íon sódio (símbolo Na+, o sinal de + é sobrescrito, mas aqui não consigo colocar); um átomo de cloro tende a ganhar elétrons e virar íon cloro (símbolo Cl-, o sinal de - é sobrescrito).
Molécula é a menor porção de uma substância não formada por átomos simples, mas sim por átomos ligados entre si. Por exemplo, oxigênio gasoso só pode existir quando dois átomos (simples) de oxigênio se ligam e formam a substância gás oxigênio, representada por fórmula que indica a quantidade de átomos que formam a molécula, no caso, O2 (o 2 é subscrito).
Fonte(s):
Livros de QUímica