Estou entendendo que voce quer medir a vazão do córrego (quantidade de água que passa por uma determinada seção do córrego por unidade de tempo), e não o volume (???) do córrego, que é uma medição que não faz sentido algum.
Uma possível solução para este problema é fazer um pequeno represamento do córrego e instalar um vertedouro de medição. Existem fórmulas que relacionam a altura da lamina em relação à soleira do vertedor com a vazão (em litros ou metros cúbicos por segundo), desde que o vertimento seja livre (não ocorra a submergencia da soleira do vertedouro pelo nível da água a jusante).
Se não for possível fazer um arranjo deste tipo, voce teria que procurar um trecho adequado do córrego, fazer uma medição da velocidade da água ao longo da seção (por amostragem, utilizando molinetes) e a partir daí se construir uma tabela de vazão versus nível do córrego. Mas este é um processo que eu acho que talvez seja muito caro inicialmente, já que voce dependeria de um equipe de medição que é muito especializada.
consulte um escritório da embrapa (estou considerando que voce está no Brasil) ou da empresa estadual de apoio à agropecuária da sua região, este é um problema que eles devem lidar com frequencia

